Naar zeggen zal het treinverkeer op de Hanzelijn aanzienlijk trager verlopen dan tijdens de presentatie werd gezegd. De traagheid wordt veroorzaakt door het niet installeren van een speciaal beveiligingssysteem, dat treinen toestaat dichter achter elkaar te rijden. Voor het systeem was wel geld beschikbaar. Besloten is namelijk dat er op de Hanzelijn niet sneller gereden gaat worden dan 140 i.p.v. de eerder gemelde 160 km/h. Ook blijkt dat er geen enkele trein vanuit Zwolle rechtstreeks naar Amsterdam zal rijden. De treinen van het noorden gaan via Zwolle naar Den Haag of Rotterdam. Voor Amsterdam maakt dat altijd een overstap in Amersfoort noodzakelijk. Via de Hanzelijn naar Amsterdam is overstappen noodzakelijk in Zwolle én Lelystad of Almere. Omdat treinen uit resp. Groningen en Leeuwarden in Zwolle niet meer worden gekoppeld, zal Zwolle een belangrijk overstapstation worden. Reizigers uit het oosten des lands betalen op deze manier overigens de tol voor de toevoeging van de Hanzelijn op het spoornet, hun reis naar het westen duurt gemiddeld 10 minuten langer.
Van Groningen naar Amsterdam via Hanzelijn betekent dus altijd 2 x overstappen. Via oude route 1x. Wat is het uiteindelijke saldo in reistijd. De tijd die je normaal bespaart met de kortere Hanzelijn sta je dus vaak op een perron te wachten om over ter stappen.
